手術室凈化的潔凈室一般用于手術室，也就是我們現在所說的醫院手術室凈化工程。開始它只是在矯形手術中獲得廣泛應用，因為矯形手術時間較長，易于引起感染。控制水平較理想的是使用臺附近的空氣潔凈度達到100級。一般建議使用頂部空氣過濾系統，它能覆蓋至少3mx3m的面積，從而將臺和人包括在內。
層流室不僅要求高度潔凈的空氣(進入手術室的空氣首先須經過濾器凈化)，而且要求能控制氣流的流通方向(即采用層流超凈裝置)，使氣流從潔凈度高的手術區域流向潔凈度低的區域，并帶走和排出氣流中的塵埃顆粒(塵粒)和細菌;層流是一股細小、薄層的氣流，以均勻的流速向同一方向輸送;凈化氣流的方向分為垂直層流式和水平層流式兩種。
垂直層流式過濾器裝在床的正上方，氣流垂直吹送，回風口設在墻面的四角，確保臺潔凈度達標，一般多采用垂直層流式效果較好。
層流室是一個"正壓"環境，其空氣壓力根據其不同區域(如手術間、無菌準備間、刷手間、麻醉間和周圍干凈區域等)潔凈度不同要求而不同。
不同級別的層流室其空氣潔凈度標準不同，例如美國聯邦標準100級層流手術間的標準為每立方尺空氣中≥0.5μm的塵粒數，≤100顆或每升空氣中≤3.5 顆。1000級為每立方尺空氣中≥0.5μm的塵粒數，≤1000顆或每升空氣中≤35顆。依次類推。
不同級別的層流系統，其控制空間環境中的空氣置換率也不同，潔凈度級別越高，置換越快，反之亦然。
層流室墻壁應用具有抑菌作用的特殊涂料粉刷，光線明亮，色彩柔和且不須用水清潔沖洗。